Zerg四处肆虐，Zeratul建议他们去黑暗圣堂武士的家园Shakuras避难。虽然残余最高议会的领导Aldaris坚决反对，最终还是执行了。然而他们很快就发现Zerg尾随他们也来到了Shakuras，并且在Xel'Naga神庙附近筑巢。黑暗圣堂武士的女酋长Raszagal说他们需要两块水晶－－Uraj和Khalis，分别象征光明与黑暗的力量，才能击败Zerg。
然而已经被主宰感染并且变成Zerg的前Terran幽灵特工Kerrigan来到了这里，告诉他们有一个新生的主宰在Char诞生了。她指出如果让主宰成长成完全体，自己就会再度被它操控。于是他们答应帮助Kerrigan阻止主宰孵化，作为回报的是Kerrigan要帮他们收集两块水晶。
在两块水晶都收集完毕以及主宰瘫痪之后，Aldaris和他的人民突然向Artanis，Zeratul，Fenix以及他们的Terran联盟James Raynor宣战了。Aldaris的军队被击败了，当Zeratul和Artanis问他为什么这么做的时候，Kerrigan突然出现并且杀死了Aldaris。Zeratul异常愤怒，将Kerrigan驱逐出了Shakuras。
Protoss继续攻占Xel'Naga神庙，并且同时运用两块水晶的能力。这清除了Shakuras表面上的所有生物，只有进入神庙避难的Protoss存活了下来。不管怎么说Protoss击败了Zerg。
虽然Kerrigan被驱逐了出去，但是不久之后她带着Sanir Duran又回来了。她的Zerg军队进攻了Telematros（Shakuras首都）的Protoss。Duran摧毁了一系列的水晶塔使得Protoss防御系统瘫痪，Kerrigan和她的Zerg军队掳走了Raszagal。这使得Zeratul开始追杀Kerrigan以救回女酋长。Kerrigan提出的要求是Zeratul杀死Char上的新生主宰，他就让Raszagal回家。当时已经被Kerrigan控制了的Raszagal也劝他这么做。Char上的UED被Zeratul击败了，并且杀了脑虫。Kerrigan让Raszagal回去，但Raszagal却宣誓对Kerrigan效忠。Zeratul怒火中烧，强行夺回了Raszagal，希望能治愈她。但是Zeratul还没来得及返回Shakuras治愈Raszagal，他的殖民地就被Zerg摧毁了。战败之后，Zeratul杀死了Raszagal，以使得她不再是Kerrigan的奴隶。意外的是Kerrigan放了Zeratul一条生路，她觉得Zeratul一辈子都会活在弑君的阴影中，这才是最好的报复。
之后Kerrigan在Char上结集了部队，Artanis的Protoss联合UED以及Terran皇朝对Kerrigan发动了总攻。然而Kerrigan击败了他们，Artanis领导的残余Protoss（Fenix阵亡，Zeratul失踪）返回了Shakuras“重建光荣的家园”。
Zeratul杀死了Raszagal之后，Kerrigan让他和少数Protoss活了下来，把他们至于Char上任其自生自灭。Zeratul开始寻找Artanis和他的战士们，来到了一个神秘的黑暗卫星上。当他在这里探索的时候，发现Samir Duran正在研制一种神秘而强大的种族。
Artanis想要把Shakuras上的两伙Protoss整合起来，但是很多黑暗圣堂武士依然怨恨Aiur上的Protoss。
经过了很长一段时间的磨合，在神族新领袖（玩家）的领导下，在他们新的家园Shakuras建立起了更加强大的政权，这个政权开始由高阶圣堂和暗黑圣堂一起治理.在（玩家）的领导下，神族的科技又一次进入了黄金阶段.他们不但在Kopulu天区的角落里重新起用了那些古老的战争机器------曾经带领神族征服Kopulu天区的Mothership(神族母舰）和在Khalath一役里死神般存在的Colossuss(巨像），还发明了新的战争机器------神秘的Stalker(追踪者），以及光明与黑暗融合的产物Void Ray(虚光船).神族开始慢慢复兴起来了！他们要求打回Aiur的呼声越来越激烈了！
不知道这古老而又神秘的文明将会延续到何时.
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